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La prolongation d’un arrêt de travail pour maladie constitue une situation fréquente dans la vie professionnelle, notamment lorsque l’état de santé du salarié ne permet pas une reprise immédiate de l’activité à l’issue de l’arrêt initial.
Si l’arrêt de travail vise à protéger la santé du salarié et à favoriser son rétablissement, sa prolongation soulève de nombreuses interrogations juridiques et pratiques : à quel moment consulter le médecin, qui est habilité à prescrire la prolongation, quels délais respecter pour préserver ses droits, quelles conséquences sur l’indemnisation, le maintien de salaire et la relation avec l’employeur ?
Le cadre juridique applicable à la prolongation d’un arrêt maladie est particulièrement structuré. Il repose à la fois sur les règles du Code de la sécurité sociale, qui encadrent le versement des indemnités journalières, et sur les dispositions du Code du travail, qui organisent les effets de l’absence sur le contrat de travail et les obligations respectives des parties.
À ces textes s’ajoutent des évolutions réglementaires récentes, notamment en matière de télémédecine, de transmission des avis d’arrêt et de contrôle des prescriptions.
Dans ce contexte, la prolongation d’un arrêt maladie ne peut être envisagée comme une simple formalité administrative. Elle suppose le respect rigoureux de procédures précises et de délais stricts, dont la méconnaissance peut entraîner des conséquences financières importantes pour le salarié.
De son côté, l’employeur est également concerné par ces règles, notamment en matière de justification de l’absence, de maintien de salaire et de contrôle de la situation médicale.
Cet article proposé par defendstesdroits.fr a pour objet de présenter une analyse juridique complète et actualisée de la prolongation d’un arrêt de travail pour maladie. Il vise à éclairer les salariés sur leurs droits et obligations, à sécuriser leurs démarches et à leur permettre d’aborder cette période avec une meilleure compréhension du cadre légal applicable.
Le salarié qui estime que son état de santé ne lui permet pas de reprendre son activité doit consulter un médecin avant la date de fin de l’arrêt initial. Cette anticipation est essentielle afin d’éviter toute rupture de droits et toute interruption dans le versement des indemnités journalières.
La prolongation ne peut être valablement établie que si le médecin constate la persistance ou l’aggravation de l’état pathologique justifiant l’incapacité de travail. À défaut de consultation dans les temps, le salarié s’expose à une perte temporaire de prise en charge par l’assurance maladie.
En application de l’article L162-4-4 du Code de la sécurité sociale, la prolongation d’un arrêt de travail doit en principe être prescrite par :
Ce principe vise à assurer la cohérence du suivi médical et la justification médicale de la prolongation.
L’article R162-1-9-1 du Code de la sécurité sociale prévoit toutefois des exceptions permettant à un autre médecin de prescrire la prolongation, notamment :
Depuis le 1er janvier 2024, la prescription ou le renouvellement d’un arrêt de travail par télémédecine est strictement limité par l’article L6316-1 du Code de la sécurité sociale. La prolongation ne peut excéder trois jours, ni porter la durée totale de l’arrêt au-delà de trois jours, sauf exceptions prévues pour le médecin traitant ou en cas d’impossibilité justifiée de consultation physique.
En cas de prolongation, le salarié doit transmettre les volets n°1 et n°2 de l’avis d’arrêt de travail à sa caisse primaire d’assurance maladie, conformément à l’article R321-2 du Code de la sécurité sociale.
Depuis le 1er juillet 2025, tout envoi papier doit obligatoirement utiliser un formulaire sécurisé, comportant sept points de sécurisation, en application du décret n°2025-587 du 28 juin 2025.
Le volet n°3 de l’avis de prolongation doit être transmis à l’employeur dans les délais prévus par la loi ou la convention collective. Cette transmission permet de justifier l’absence et d’éviter toute contestation disciplinaire.
Le salarié dispose d’un délai de deux jours ouvrables à compter de la prescription pour transmettre l’avis de prolongation à l’assurance maladie. Ce délai conditionne le maintien intégral des indemnités journalières, en vertu de l’article D323-2 du Code de la sécurité sociale.
En cas de retard non justifié, le montant des indemnités correspondant à la période écoulée peut être réduit de 50 %, sauf hospitalisation ou impossibilité démontrée.
La jurisprudence considère que le fait de ne pas justifier immédiatement une prolongation ne constitue pas une faute grave, dès lors que l’employeur avait été informé de l’arrêt initial (Cass. soc., 26 octobre 2010, n°09-65020).
De nombreuses entreprises acceptent désormais la transmission par courriel d’une copie scannée de l’avis de prolongation. Toutefois, cette pratique relève des usages internes et ne dispense pas de la transmission réglementaire à l’assurance maladie par les canaux officiels.
Il est recommandé au salarié de vérifier les procédures internes applicables afin d’éviter toute difficulté ultérieure.
En cas de maladie non professionnelle, la CPAM peut verser jusqu’à 360 jours d’indemnités journalières sur une période de trois ans, conformément à l’article R323-1 du Code de la sécurité sociale, hors affection de longue durée.
Le montant des indemnités correspond à 50 % du salaire journalier de base, en application des articles L323-4 et R323-4 du Code de la sécurité sociale.
Sous conditions d’ancienneté, l’employeur peut être tenu de verser des indemnités complémentaires, assurant un maintien partiel ou total de la rémunération, en vertu des articles L1226-1 et D1226-1 du Code du travail.
La durée de ce maintien dépend de l’ancienneté du salarié, conformément à l’article D1226-2 du Code du travail, et se poursuit en cas de prolongation si les conditions sont remplies.
Un délai de carence de trois jours s’applique lors du premier arrêt pour maladie non professionnelle. Les indemnités journalières sont versées à compter du quatrième jour.
En cas de prolongation d’un arrêt maladie, aucun nouveau délai de carence n’est appliqué. Cette règle s’applique également aux indemnités complémentaires versées par l’employeur.
Pendant toute la durée de la prolongation, le salarié reste soumis aux obligations attachées à l’arrêt de travail, notamment :
Tout manquement peut entraîner la suspension du versement des indemnités journalières, voire des sanctions disciplinaires en cas de fraude caractérisée.
Ce cadre juridique précis permet de sécuriser la situation du salarié confronté à la nécessité de prolonger son arrêt de travail, tout en garantissant l’équilibre entre protection sociale, suivi médical et obligations professionnelles.
La prolongation d’un arrêt de travail pour maladie s’inscrit dans un équilibre délicat entre la protection de la santé du salarié et les exigences de sécurité juridique du système de protection sociale. En encadrant strictement les conditions de prescription, les délais de transmission et les modalités d’indemnisation, le législateur et les juges ont cherché à garantir que seuls les arrêts médicalement justifiés ouvrent droit au maintien des prestations.
Pour le salarié, la maîtrise de ces règles est déterminante.
Consulter le médecin dans les délais, transmettre l’avis de prolongation à l’assurance maladie et à l’employeur, respecter les obligations liées à l’arrêt de travail et anticiper les conséquences sur la rémunération constituent autant de démarches nécessaires pour préserver ses droits. La prolongation ne doit jamais être improvisée, sous peine de réduction ou de suspension des indemnités journalières.
Du point de vue de l’employeur, la prolongation de l’arrêt maladie implique une gestion rigoureuse des absences, dans le respect du secret médical et des garanties accordées au salarié. Elle ne saurait justifier, à elle seule, une sanction ou une rupture du contrat de travail, sauf manquement avéré aux obligations légales ou abus caractérisé.
En définitive, la prolongation d’un arrêt de travail pour maladie n’est ni une simple extension automatique de l’arrêt initial, ni une situation dérogatoire. Elle obéit à un cadre juridique précis, qui vise à concilier la continuité de la protection sociale, le suivi médical du salarié et la sécurité des relations de travail. En proposant cette analyse, defendstesdroits.fr entend accompagner les justiciables dans la compréhension de ces règles et dans la sécurisation de leurs démarches tout au long de leur arrêt maladie.
La consultation médicale destinée à obtenir une prolongation d’arrêt de travail doit impérativement intervenir avant la date de fin de l’arrêt initial. Cette exigence est essentielle, car la continuité des droits à indemnisation dépend directement de l’absence d’interruption entre les deux arrêts.
Lorsque le salarié consulte trop tardivement, même si son état de santé justifie médicalement une incapacité de travail, la Sécurité sociale peut considérer qu’il existe une rupture dans l’arrêt, entraînant une perte temporaire du droit aux indemnités journalières.
Il est donc recommandé d’anticiper la consultation dès lors que l’état de santé ne s’améliore pas ou que la reprise du travail apparaît prématurée. Cette vigilance permet de sécuriser à la fois la situation médicale et la situation administrative du salarié.
En principe, la prolongation d’un arrêt maladie doit être prescrite par le médecin à l’origine de l’arrêt initial ou par le médecin traitant, conformément au Code de la sécurité sociale. Cette règle vise à garantir la cohérence du suivi médical et à limiter les prescriptions abusives.
Toutefois, la loi prévoit plusieurs exceptions strictement encadrées. La prolongation peut notamment être prescrite par :
En revanche, la prescription par télémédecine est fortement limitée : la prolongation ne peut excéder trois jours, sauf cas particuliers prévus par la loi. Une prolongation irrégulièrement prescrite peut être refusée par l’assurance maladie, avec des conséquences directes sur l’indemnisation.
Après la prescription de la prolongation, le salarié dispose d’un délai légal de deux jours ouvrables pour transmettre l’avis d’arrêt de travail à sa caisse primaire d’assurance maladie. Ce délai conditionne le maintien intégral des indemnités journalières.
En cas de transmission tardive, la Sécurité sociale peut appliquer une sanction financière, consistant en une réduction de 50 % des indemnités journalières pour la période comprise entre la date de prescription et la date d’envoi effectif. Cette sanction ne s’applique pas en cas d’hospitalisation ou d’impossibilité justifiée.
Par ailleurs, le salarié doit également informer son employeur, dans un délai généralement fixé à 48 heures, afin de justifier son absence. Les modalités de transmission peuvent varier selon la convention collective ou les usages internes de l’entreprise.
En cas de prolongation, le salarié continue de percevoir des indemnités journalières de sécurité sociale, sous réserve de ne pas avoir épuisé ses droits. Pour une maladie non professionnelle, la durée maximale d’indemnisation est de 360 jours sur une période de trois ans, sauf en cas d’affection de longue durée.
Le montant des indemnités correspond en principe à 50 % du salaire journalier de base. À ces indemnités peuvent s’ajouter des indemnités complémentaires versées par l’employeur, dans le cadre du maintien de salaire, si les conditions d’ancienneté prévues par le Code du travail ou la convention collective sont remplies.
La prolongation de l’arrêt n’entraîne pas de modification automatique du montant des indemnités, tant que les conditions légales demeurent réunies.
Pendant la prolongation, le salarié reste soumis aux mêmes obligations que durant l’arrêt initial. Il doit notamment :
Le non-respect de ces obligations peut entraîner des conséquences lourdes, telles que la suspension ou la suppression des indemnités journalières, voire des sanctions disciplinaires ou pénales en cas de fraude caractérisée.
