Licenciement après arrêt maladie : comment calculer votre indemnité sans perte ?

Calcul de l'indemnité de licenciement : impact réel d’un arrêt maladie

Lorsque la santé vacille, le parcours professionnel s’en trouve souvent bouleversé. Un arrêt maladie prolongé peut impacter le moral, l’organisation du travail… mais aussi la rémunération. Et lorsque le licenciement survient après plusieurs mois d’absence, une inquiétude revient systématiquement : l'indemnité de licenciement sera-t-elle diminuée à cause de l’arrêt maladie ?

La bonne nouvelle, c’est que le droit français protège le salarié : votre salaire réellement perçu pendant la maladie ne peut pas réduire le montant de votre indemnité. Le calcul repose sur une méthode précise, encadrée par le Code du travail et la jurisprudence, garantissant une indemnisation équitable.

Ce guide complet vous explique :
✔ comment calculer l’indemnité de licenciement après un arrêt maladie,
✔ quel salaire de référence utiliser,
✔ quelles absences comptent pour l’ancienneté,
✔ quel montant s'applique en cas d'inaptitude,
✔ et comment éviter les erreurs les plus fréquentes.

Sommaire

1. Définition et conditions : l’indemnité de licenciement après arrêt maladie
2. Comment calculer l’indemnité légale ?
3. Quel salaire de référence utiliser après un arrêt maladie ?
4. L’arrêt maladie compte-t-il dans l’ancienneté ?
5. Cas particulier : le licenciement pour inaptitude
6. Conclusion
7. FAQ

1. Définition et conditions : l’indemnité de licenciement après arrêt maladie

Tout salarié en CDI licencié après au moins 8 mois d’ancienneté ininterrompue a droit à une indemnité légale de licenciement — sauf faute grave ou lourde.

Cette indemnité vise à compenser la rupture du contrat et repose sur un calcul strictement encadré.
Le point clé : l’arrêt maladie ne doit pas vous pénaliser.

2. Comment calculer l’indemnité légale ?

La formule est la suivante :

• 1/4 de mois de salaire par année d’ancienneté jusqu’à 10 ans,
• 1/3 de mois de salaire par année au-delà de 10 ans.

Le calcul doit toujours être effectué sur la base du salaire le plus avantageux pour vous.

Exemple (moins de 10 ans d’ancienneté)

Salaire moyen = 2 500 €
Ancienneté = 8 ans

➡ 2 500 × 1/4 × 8 = 5 000 €

Exemple (plus de 10 ans d’ancienneté)

Salaire moyen = 2 500 €
Ancienneté = 14 ans

➡ (2 500 × 1/4 × 10) + (2 500 × 1/3 × 4) = 9 583 €

3. Quel salaire de référence utiliser après un arrêt maladie ?

Pendant un arrêt maladie, la rémunération baisse souvent (IJSS + absence de complément employeur).

Pour vous protéger, la loi impose que l’on retienne le salaire d’avant l’arrêt, selon la période la plus avantageuse :

✔ la moyenne des 3 mois précédant l’arrêt,
ou
✔ la moyenne des 12 mois précédant l’arrêt.

📌 Jamais le salaire perçu pendant la maladie.

Cette règle évite que votre indemnité soit diminuée en raison de la baisse de revenus pendant la maladie.

4. L’arrêt maladie compte-t-il dans l’ancienneté ?

Cela dépend de l’origine :

✔ Maladie non professionnelle

→ Ne compte pas pour l’ancienneté (sauf dispositions plus favorables de la convention collective).

✔ Maladie professionnelle ou accident du travail

→ Compte obligatoirement dans l’ancienneté (Code du travail).

Certaines conventions collectives prévoient des règles plus avantageuses : prise en compte totale ou partielle des arrêts maladie ordinaires.

5. Cas particulier : le licenciement pour inaptitude

Après un arrêt d’au moins 60 jours, une visite de reprise est obligatoire.
Si le médecin du travail vous déclare inapte, l’employeur doit chercher un reclassement.
S’il n’en trouve pas, il peut procéder au licenciement.

Deux cas :

🔵 Inaptitude non professionnelle

→ Indemnité légale classique.

🔵 Inaptitude professionnelle

→ Indemnité spéciale = double de l’indemnité légale.

📌 Exemple :
Si votre indemnité légale est de 7 000 €, l’indemnité spéciale sera de 14 000 €.

Conclusion

La question de l’indemnité de licenciement après un arrêt maladie soulève de nombreuses inquiétudes légitimes pour les salariés qui ont vu leur rémunération diminuer durant leur absence. Pourtant, le droit du travail offre une protection solide : aucun salarié ne doit être pénalisé financièrement parce qu’il a été malade.

Le salaire de référence doit refléter la rémunération réelle avant l’arrêt, les absences non professionnelles peuvent être neutralisées selon les conventions collectives, et les arrêts pour maladie professionnelle ou accident du travail sont totalement intégrés dans l’ancienneté.

Au-delà des aspects techniques, cette réglementation traduit un principe essentiel : la maladie ne doit jamais fragiliser les droits du salarié lors de la rupture du contrat.

Elle garantit également un traitement différencié en cas d’inaptitude d’origine professionnelle, reconnaissant l’impact du travail sur la santé et renforçant la protection des salariés concernés, notamment par l’indemnité spéciale doublée.

Pour autant, les règles demeurent complexes, et les erreurs de calcul restent fréquentes. C’est pourquoi chaque salarié doit avoir le réflexe d’examiner sa convention collective, de vérifier la méthode de calcul utilisée, et de demander une rectification en cas de doute. En cas de désaccord persistant, les juridictions prud’homales constituent un recours efficace pour obtenir réparation et faire respecter ses droits.

En définitive, bien comprendre le mécanisme de calcul de l’indemnité — et les protections attachées à l’arrêt maladie — est un moyen essentiel de défendre ses intérêts au moment d’une rupture de contrat, et d’aborder cette période avec davantage de sérénité et de visibilité.

FAQ

1. L’indemnité de licenciement peut-elle être diminuée à cause d’un arrêt maladie long ?

Absolument pas. Le droit du travail interdit que l’arrêt maladie — même très long — entraîne une baisse de votre indemnité de licenciement.
Pourquoi ? Parce que le calcul doit obligatoirement se baser sur le salaire antérieur à la maladie, c’est-à-dire votre salaire “normal” avant que les IJSS ou l’absence de complément employeur ne réduisent vos revenus.

Voici comment cela vous protège :

• On ignore les mois affaiblis par l’absence, même si vous n’avez perçu que 50 % de votre salaire.
• Le salaire de référence doit être calculé en comparant :
  • la moyenne des 3 derniers mois avant l’arrêt ;
  • la moyenne des 12 mois avant l’arrêt.
    L’option la plus avantageuse est retenue.

📌 Exemple concret
Si vous gagniez 2 500 € avant votre arrêt mais seulement 1 100 € d’IJSS ensuite, votre indemnité sera calculée sur 2 500 € et non sur 1 100 €.

➡ L’arrêt maladie ne doit jamais vous faire perdre d’argent sur votre indemnité.

2. Les périodes d’arrêt maladie comptent-elles dans l’ancienneté pour calculer l’indemnité ?

Oui et non : tout dépend de l’origine de la maladie et de votre convention collective.

✔ Pour une maladie non professionnelle

Par défaut, elles ne comptent pas dans l’ancienneté.
Donc si vous avez été en arrêt 8 mois, ces 8 mois seront déduits de votre durée d’ancienneté… sauf si votre convention collective prévoit mieux.

✔ Pour une maladie professionnelle ou un accident du travail

Dans ce cas, la loi impose l’inclusion des périodes d’arrêt :
➡ Ces absences sont 100 % intégrées dans l’ancienneté, même si l’arrêt a duré plusieurs années.

✔ Selon votre convention collective

Beaucoup de conventions améliorent les droits des salariés. Exemples fréquents :

• prise en compte complète des absences maladie ;
• intégration d’un nombre de mois maximum par an ;
• prise en compte dès un certain seuil d’ancienneté ;
• assimilation des absences maladie à du temps de travail pour le calcul des indemnités.

📌 À retenir
➡ Votre CCN peut augmenter votre ancienneté… et donc votre indemnité.

3. Quels éléments de rémunération entrent réellement dans la base de calcul ?

Le salaire de référence doit refléter le niveau de rémunération habituel du salarié, ce qui inclut bien plus que le simple salaire mensuel de base.

✔ Sont inclus :

• le salaire brut fixe ;
• les primes annuelles (ex. 13e mois) ;
• les primes exceptionnelles si elles se répètent régulièrement ;
• les commissions ;
• les heures supplémentaires régulières ;
• les avantages en nature (logement, véhicule, repas) ;
• les majorations liées à des conditions particulières (travail de nuit, dimanche…).

✖ Ne sont pas inclus :

• les remboursements de frais (transport, repas, déplacement) ;
• les primes exceptionnelles et parfaitement ponctuelles ;
• les gratifications “facultatives” données une seule fois par l’employeur ;
• les indemnités IJSS ou prévoyance (car elles ne représentent pas du salaire).

📌 Pourquoi c’est important ?
Si une prime mensuelle de 300 € a été suspendue pendant votre arrêt maladie, elle doit malgré tout être réintégrée dans votre salaire de référence.

➡ Le salaire retenu doit correspondre à votre rémunération réelle avant l’arrêt.

4. Comment se calcule l’indemnité en cas de licenciement pour inaptitude après un arrêt maladie ?

L’inaptitude peut profondément modifier le montant de votre indemnité, surtout si elle est professionnelle.

🔵 Inaptitude non professionnelle

• Indemnité de licenciement = indemnité légale ou conventionnelle (la plus favorable).
• Pas de doublement.
• Pas d’indemnité équivalente au préavis, car le préavis ne peut pas être exécuté.

🔵 Inaptitude professionnelle (accident du travail ou maladie professionnelle)

Dans ce cas, les droits sont nettement supérieurs :

1. Indemnité spéciale = double de l’indemnité légale
2. Indemnité équivalente au préavis, même non-exécuté
3. Indemnité de congés payés

📌 Pourquoi ce régime est-il plus avantageux ?
Parce que l’origine professionnelle engage la responsabilité de l’employeur sur la prévention et la sécurité.

➡ Un salarié déclaré inapte pour raison professionnelle touche donc l’indemnité la plus élevée de toutes les formes de rupture.

5. Puis-je contester le calcul si mon employeur a mal appliqué les règles ?

Oui, et c’est même fréquent car de nombreux employeurs commettent des erreurs. Voici comment agir.

✔ 1. Demander un calcul détaillé

Vous pouvez exiger un document expliquant précisément :

• le salaire de référence choisi ;
• les mois retenus ;
• les éléments inclus/exclus ;
• les années d’ancienneté comptabilisées.

✔ 2. Vérifier les points sensibles

Les erreurs les plus courantes sont :

• prise en compte du salaire réduit pendant l’arrêt maladie (interdit) ;
• oubli d’une prime régulière ;
• mauvaise prise en compte des absences maladie dans l’ancienneté ;
• omission des éléments conventionnels avantageux.

✔ 3. Formuler une contestation écrite

Si l’erreur est avérée, envoyez une demande de régularisation.

✔ 4. Saisir le conseil de prud’hommes

Le délai est de 12 mois pour contester un licenciement.
En cas d’erreur, le juge peut vous accorder :

• un rappel d’indemnité,
• des dommages-intérêts en cas de préjudice,
• dans certains cas, la requalification du licenciement.

➡ Contester est tout à fait possible, surtout si le salaire retenu n’est pas conforme à la loi ou à votre convention.