Prolongation d’arrêt maladie : médecins compétents, indemnisation et obligations

Arrêt maladie prolongé : obligations, droits et démarches à connaître

L’arrêt de travail pour maladie constitue un droit fondamental pour le salarié dont l’état de santé ne lui permet pas d’assurer ses fonctions. Mais il arrive que la période initialement prescrite par le médecin ne suffise pas à une guérison ou à une reprise de l’activité professionnelle dans des conditions normales. Dans ce cas, le salarié doit solliciter une prolongation d’arrêt maladie, procédure encadrée de près par le Code de la Sécurité sociale et le Code du travail.

La prolongation n’est pas un simple renouvellement administratif : elle conditionne le maintien des indemnités journalières, l’application ou non du délai de carence, ainsi que la continuité du maintien de salaire par l’employeur. Des démarches strictes doivent être respectées, comme l’envoi de l’avis médical dans un délai de deux jours ouvrables à la CPAM et la transmission simultanée d’un volet à l’employeur. Un retard ou un manquement peut entraîner une réduction des droits ou, dans certains cas, la suspension du versement des indemnités.

La question se complexifie encore avec l’introduction des consultations à distance, la possibilité pour certains médecins autres que le praticien habituel de délivrer la prolongation, ou encore l’impact de cette situation sur les congés payés, le contrat de travail et la protection contre le licenciement.

En définitive, la prolongation d’un arrêt maladie engage à la fois des droits (indemnisation, report des congés, protection du poste) et des obligations (respect des prescriptions médicales, horaires de sortie, contrôles). Elle illustre parfaitement l’équilibre recherché entre la protection sociale du salarié et le maintien de l’organisation de l’entreprise.

Sommaire

1. Quand consulter son médecin pour une prolongation d’arrêt maladie
2. Quels médecins sont autorisés à prolonger un arrêt de travail
3. Quelles démarches effectuer et à qui transmettre la prolongation
4. Quels délais respecter pour envoyer l’avis de prolongation
5. Peut-on envoyer la prolongation par mail à l’employeur
6. Quelle indemnisation en cas de prolongation d’arrêt maladie
7. Y a-t-il un délai de carence en cas de prolongation
8. Quelles sont les obligations du salarié pendant la prolongation

1. Quand consulter son médecin pour obtenir une prolongation ?

Le salarié doit impérativement consulter son médecin traitant ou le médecin prescripteur de l’arrêt initial avant la date de fin prévue de cet arrêt. Cette consultation anticipée est essentielle pour éviter toute interruption dans le versement des indemnités journalières de la Sécurité sociale.

Le médecin procède à un examen médical complet afin d’évaluer si l’état de santé du salarié justifie une absence prolongée. Si tel est le cas, il délivre un avis de prolongation qui doit ensuite être transmis à la CPAM et à l’employeur dans les délais légaux.

⚠️ À défaut de prolongation régulière, le salarié s’expose à une suspension immédiate de ses droits aux indemnités journalières, voire à une réduction de 50 % en cas de transmission tardive (article D323-2 du Code de la Sécurité sociale).

💡 Exemple pratique : Un salarié dont l’arrêt initial prend fin un vendredi doit consulter son médecin au plus tard ce même jour ou avant. Si la prolongation n’est délivrée que le lundi suivant, sans justification valable, la CPAM pourra interrompre ou réduire le versement des indemnités journalières pour les jours non couverts.

Enfin, il est recommandé de prendre rendez-vous en amont afin de s’assurer que la prolongation sera établie à temps. En cas d’impossibilité de consulter son médecin habituel (congé, absence), le salarié peut se tourner vers un médecin remplaçant ou, dans certains cas, un médecin spécialiste consulté sur demande de son médecin traitant.

2. Un autre médecin peut-il prolonger l’arrêt maladie ?

En principe, la prolongation relève du médecin prescripteur initial ou du médecin traitant.
Cependant, plusieurs exceptions existent :

• le remplaçant du médecin initial ou du médecin traitant ;
• un spécialiste consulté à la demande du médecin traitant ;
• un médecin dans le cadre d’une hospitalisation.

Depuis le 1er janvier 2024, une prolongation délivrée en télémédecine est limitée à 3 jours maximum, sauf lorsqu’elle émane du médecin traitant ou en cas d’impossibilité justifiée de consulter physiquement.

3. Quelles démarches effectuer pour transmettre une prolongation ?

Le salarié doit :

• adresser les volets n°1 et 2 de l’avis de prolongation à la CPAM ;
• remettre le volet n°3 à son employeur, généralement sous 48 heures, sauf dispositions conventionnelles particulières.

Depuis le 1er juillet 2025, un formulaire sécurisé comportant 7 points de contrôle est obligatoire pour les envois papier (Décret n°2025-587).

4. Quels délais respecter pour l’envoi ?

Le salarié dispose de 2 jours ouvrables pour envoyer l’avis de prolongation à sa caisse. En cas de retard, la CPAM peut réduire de 50 % les indemnités journalières dues pour la période non justifiée, sauf en cas d’hospitalisation ou d’impossibilité prouvée.

Concernant l’employeur, le délai usuel est de 48 heures pour l’avertir, sauf règles plus favorables prévues par la convention collective.

À noter : la Cour de cassation a jugé que l’absence de transmission d’une prolongation ne constitue pas nécessairement une faute grave, si le salarié avait déjà informé de l’arrêt initial (Cass. soc., 26 octobre 2010, n°09-65020).

5. Peut-on envoyer une prolongation par mail à son employeur ?

La pratique consistant à transmettre une prolongation d’arrêt maladie par mail ou en scannant le volet destiné à l’employeur s’est largement généralisée ces dernières années. De nombreuses entreprises acceptent aujourd’hui cette modalité plus rapide et plus simple, notamment pour assurer la continuité administrative et faciliter la gestion des absences.

Cependant, il est important de rappeler que cette facilité ne dispense en aucun cas le salarié de transmettre l’original de l’avis d’arrêt à la Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM). L’envoi doit être effectué :

• soit par courrier postal, en respectant le délai légal de 2 jours ouvrables à compter de la prescription (article D323-2 du Code de la Sécurité sociale) ;
• soit via le téléservice dématérialisé proposé par l’Assurance maladie, lorsque celui-ci est accessible.

⚠️ À retenir : seul l’envoi à la CPAM conditionne le versement des indemnités journalières. Un envoi à l’employeur uniquement ne suffit pas à garantir la couverture sociale.

💡 Exemple concret : un salarié envoie le scan de sa prolongation par mail à son employeur le jour même, mais oublie d’envoyer l’original à la CPAM dans le délai de 2 jours. Dans ce cas, l’entreprise est informée, mais la CPAM peut appliquer une sanction financière, notamment une réduction de 50 % des indemnités journalières pour les jours non couverts, sauf motif légitime ou hospitalisation.

Il est donc vivement conseillé au salarié de :

• vérifier les procédures internes de son entreprise afin de savoir si l’envoi par mail est accepté comme preuve de transmission ;
• conserver une preuve d’envoi (copie du mail, accusé de réception, ou envoi postal en recommandé) pour prévenir tout litige sur la réalité de la communication de l’arrêt à l’employeur.

En cas de contestation, l’absence de justificatif clair peut être interprétée comme un manquement du salarié à son obligation d’information, ce qui pourrait entraîner des sanctions disciplinaires (avertissement, voire licenciement).

6. Quelle indemnisation en cas de prolongation de l’arrêt maladie ?

En cas de maladie non professionnelle, le salarié peut percevoir des indemnités journalières (IJ) versées par la CPAM pour une durée maximale de 360 jours sur 3 ans sauf en cas d’affection de longue durée (ALD) où la prise en charge peut aller jusqu’à 3 ans sans limitation.

Les IJ correspondent à 50 % du salaire journalier de base.

En parallèle, l’employeur doit compléter cette indemnisation par le maintien de salaire, sous conditions d’ancienneté.

💡 La Cour de cassation (Cass. soc., 10 septembre 2025, n°23-22732) a rappelé que les congés payés non pris doivent être reportés si la maladie empêche le salarié d’en bénéficier, renforçant ainsi sa protection.

7. Qu’en est-il du délai de carence lors d’une prolongation ?

Le délai de carence de 3 jours s’applique uniquement au premier arrêt maladie. En cas de prolongation, il ne se renouvelle pas.

Exceptions :

• pas de délai de carence si les arrêts successifs sont liés à une ALD ;
• pas de délai de carence si la reprise d’activité entre deux arrêts n’a pas excédé 48 heures.

Pour les indemnités complémentaires de l’employeur, il n’existe pas de nouveau délai de carence entre l’arrêt initial et sa prolongation.

8. Quelles sont les obligations du salarié durant la prolongation ?

Le salarié doit continuer à respecter :

• les prescriptions médicales ;
• les horaires de sorties fixés par le médecin ;
• les contrôles organisés par la CPAM ou l’employeur ;
• l’interdiction d’exercer une autre activité rémunérée.

En cas de non-respect, la CPAM peut suspendre le versement des indemnités journalières, et l’employeur pourrait engager une sanction disciplinaire.

Conclusion

La prolongation d’un arrêt de travail pour maladie n’est jamais anodine : elle constitue un dispositif protecteur permettant au salarié de poursuivre sa convalescence tout en assurant la continuité de ses droits sociaux. Mais elle suppose un strict respect des règles légales et conventionnelles. Du choix du médecin habilité à prescrire la prolongation, jusqu’à la transmission des documents à la CPAM et à l’employeur, chaque étape doit être anticipée et exécutée avec rigueur.

Sur le plan financier, la prolongation garantit le maintien des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale ainsi que, le cas échéant, les indemnités complémentaires de l’employeur, sans réapplication du délai de carence. Elle peut également ouvrir droit, dans certains cas, au report des congés payés et à une protection accrue contre une rupture du contrat de travail injustifiée.

Néanmoins, cette protection repose sur le respect scrupuleux des obligations du salarié : suivre les prescriptions médicales, rester disponible pour les contrôles et s’abstenir d’exercer une activité professionnelle parallèle. À défaut, il s’expose à la suspension de ses droits et à d’éventuelles sanctions disciplinaires.

Ainsi, la prolongation d’un arrêt maladie doit être envisagée non pas comme une simple formalité, mais comme un mécanisme juridique essentiel qui conditionne la sécurité du salarié et la bonne articulation entre protection sociale et relation contractuelle.

FAQ

1. Quel médecin peut prescrire une prolongation d’arrêt maladie ?
En règle générale, seul le médecin traitant ou celui qui a prescrit l’arrêt initial est compétent (article L162-4-4 du Code de la Sécurité sociale). Mais plusieurs exceptions existent :

• le remplaçant du médecin prescripteur ou du médecin traitant ;
• un spécialiste consulté à la demande du médecin traitant, par exemple un cardiologue ou un neurologue en cas de pathologie spécifique ;
• le médecin en cas d’hospitalisation.

Depuis le 1er janvier 2024, la télémédecine peut aussi être utilisée pour une prolongation, mais avec des limites strictes : l’arrêt prolongé ne peut excéder 3 jours et ne pas porter à plus de 3 jours la durée totale d’un arrêt déjà en cours, sauf si la demande émane du médecin traitant ou qu’il est impossible de consulter physiquement (article L6316-1 CSS).
💡 Exemple : un salarié en arrêt initial de 7 jours peut obtenir 2 jours de prolongation en téléconsultation, mais pas 10 jours.

2. Quels délais respecter pour envoyer une prolongation d’arrêt maladie ?
Le salarié dispose d’un délai de 2 jours ouvrables pour transmettre les volets n°1 et 2 de l’avis de prolongation à la CPAM (article D323-2 CSS). Le volet n°3 doit être adressé à l’employeur dans un délai de 48 heures, sauf disposition plus favorable prévue par la convention collective.

En cas de retard, la CPAM applique une sanction financière : réduction de 50 % des indemnités journalières pour la période comprise entre la date de prescription et la réception tardive de l’avis, sauf hospitalisation ou motif légitime prouvé.

📌 Exemple concret : si un salarié envoie son avis 5 jours après la date de prescription sans justificatif valable, il perdra 2 jours d’indemnités journalières.

La Cour de cassation a précisé (Cass. soc., 26 octobre 2010, n°09-65020) que l’absence de transmission d’une prolongation ne constitue pas forcément une faute grave, si le salarié avait déjà informé son employeur de l’arrêt initial.

3. Quelle est l’indemnisation en cas de prolongation d’un arrêt maladie ?
L’indemnisation repose sur deux piliers :

1. Les indemnités journalières de la CPAM : elles sont versées pendant 360 jours sur 3 ans (article R323-1 CSS). En cas d’affection de longue durée (ALD), la durée peut atteindre 3 ans consécutifs sans limitation de jours. Le montant correspond à 50 % du salaire journalier de base (articles L323-4 et R323-4 CSS), calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois.
2. Le maintien de salaire par l’employeur : prévu par les articles L1226-1 et D1226-1 du Code du travail, il complète les IJ sous conditions d’ancienneté (au moins 1 an). Le salarié perçoit alors une indemnité complémentaire dont la durée et le montant varient selon son ancienneté et sa convention collective.

💡 Exemple : un salarié avec 5 ans d’ancienneté, percevant 2 000 € brut par mois, en arrêt prolongé, recevra 50 % de son salaire de base via la CPAM (soit environ 1 000 €), complétés par l’employeur à hauteur de 90 % de son salaire pendant 30 jours, puis 66 % les 30 jours suivants, selon le Code du travail.

En jurisprudence, la Cour de cassation (Cass. soc., 10 septembre 2025, n°23-22732) a rappelé que les congés payés non pris doivent être reportés si la maladie empêche le salarié d’en bénéficier.

4. Le délai de carence s’applique-t-il lors d’une prolongation d’arrêt maladie ?
Le délai de carence de 3 jours (article R323-1 CSS) ne s’applique que lors du premier arrêt maladie. Lorsqu’un arrêt est prolongé, aucune nouvelle carence ne s’applique.

Il existe par ailleurs des cas spécifiques où le délai de carence n’est pas appliqué du tout :

• si les arrêts sont liés à une affection de longue durée (ALD) ;
• si la reprise d’activité entre deux arrêts n’a pas excédé 48 heures ;
• si l’arrêt résulte d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle (article L323-1 CSS).

💡 Exemple : un salarié arrêté 10 jours, puis prolongé de 15 jours, ne subit le délai de carence que sur les 3 premiers jours. La prolongation démarre directement avec indemnisation.

5. Quelles sont les obligations du salarié pendant une prolongation ?
Durant toute la prolongation, le salarié est tenu aux mêmes obligations que lors de l’arrêt initial :

• Respect des prescriptions médicales : suivre le traitement prescrit par le médecin.
• Respect des horaires de sortie : soit autorisées librement, soit limitées à certaines heures (notées sur l’avis d’arrêt).
• Soumission aux contrôles : la CPAM peut diligenter un contrôle médical à domicile, et l’employeur peut recourir à une contre-visite.
• Interdiction d’exercer une autre activité : toute activité professionnelle ou indépendante est interdite pendant la durée de l’arrêt, sous peine de sanction.

Le non-respect de ces obligations peut entraîner la suspension des indemnités journalières par la CPAM et, sur le plan disciplinaire, des sanctions de l’employeur pouvant aller jusqu’au licenciement.

📌 Exemple : un salarié en arrêt maladie prolongé, contrôlé en activité dans une autre entreprise, peut perdre ses droits à indemnités et faire l’objet d’un licenciement pour faute grave.