Arrêt maladie de longue durée : droits du salarié, obligations de l’employeur et risques à anticiper

Arrêt maladie longue durée : comment gérer l’absence du salarié en arrêt de travail ?

La gestion d’un arrêt maladie longue durée représente l’un des enjeux les plus sensibles pour un employeur. Entre obligations légales, organisation interne, maintien éventuel de salaire, anticipation du retour du salarié et risques juridiques, chaque décision doit être prise avec une extrême prudence. Lorsqu’un salarié est confronté à une affection de longue durée (ALD) nécessitant un suivi médical intensif ou un arrêt supérieur à six mois, l’entreprise se retrouve souvent démunie : comment réorganiser l’activité sans commettre d’erreur ? Quelle indemnisation doit être versée ? Quelle marge de manœuvre reste-t-il pour envisager un remplacement, voire un licenciement ?

Cet article fait le point, de manière claire, structurée et à jour des dernières réformes, sur tout ce que doit connaître un employeur confronté à un arrêt maladie longue durée : définition précise, droits du salarié, obligations de l’entreprise, démarches administratives, rémunération, congés, remplacement, et cas très encadrés autorisant un licenciement. Un outil indispensable pour sécuriser votre gestion RH et éviter les risques prud’homaux.

Sommaire

1. Qu’est-ce qu’un arrêt maladie longue durée (ALD) ?
2. Les différentes catégories d’affections longue durée
3. Durée maximale et prolongations possibles
4. Indemnisation : IJSS, maintien de salaire, carences
5. Congés payés et arrêt longue maladie
6. Remplacement du salarié absent
7. Licenciement : ce qui est possible et interdit
8. Droits de l’employeur et risques juridiques

1. Qu’est-ce qu’un arrêt maladie longue durée ?

Un arrêt maladie longue durée correspond à une interruption du contrat de travail liée à une affection longue durée (ALD), caractérisée par une pathologie grave, chronique ou nécessitant un traitement prolongé.

Un arrêt est considéré comme « longue durée » lorsqu’il dépasse 6 mois, sur prescription du médecin traitant. Le salarié reste lié à l’entreprise, mais son contrat est suspendu.

À noter :
Un salarié peut souffrir d’une ALD sans être arrêté. L’ALD concerne le traitement ; l’arrêt concerne la capacité de travail.

2. Les différentes catégories d’affections longue durée

Le Code de la Sécurité sociale distingue trois catégories :

ALD 30 : affections exonérantes

Il s’agit des pathologies inscrites sur la liste officielle : AVC invalidant, diabète, cancers, maladie d’Alzheimer, maladie de Parkinson, etc.
Elles ouvrent droit à une prise en charge à 100 % des soins liés à la maladie.

ALD 31 : affections hors liste

Ce sont des maladies graves évoluant sur plus de 6 mois, dont le traitement est coûteux.
Elles sont reconnues au cas par cas par le médecin-conseil.

ALD 32 : polypathologies

Le salarié souffre de plusieurs maladies invalidantes rendant son état global grave et prolongé.

3. Durée maximale d’un arrêt maladie longue durée

Le salarié peut bénéficier d’un arrêt maladie :

• jusqu’à 3 ans maximum, sans interruption ;
• au-delà, il peut être orienté vers une pension d’invalidité si son état de santé ne permet pas une reprise.

Il n’existe pas de limitation du nombre de prolongations : elles dépendent uniquement de l’avis médical.

4. Indemnisation du salarié : IJSS et maintien de salaire

L’arrêt maladie longue durée suspend la rémunération, mais des dispositifs compensent cette perte.

4.1. Les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale

La CPAM prend en charge une partie du revenu via les IJSS, équivalentes à :

• 50 % du salaire journalier de base en arrêt maladie classique ;
• jusqu’à 3 ans si le salarié bénéficie d’une ALD.

Un plafond de 360 IJSS sur 3 ans s’applique lorsque l’arrêt n’est pas lié à une ALD.

4.2. Le complément employeur

L’employeur doit verser un complément, sous conditions :

• au moins 1 an d’ancienneté,
• justification de l’arrêt dans les 48 heures,
• prise en charge par la CPAM.

Le maintien doit assurer :

• 90 % du salaire brut pendant les premières semaines,
• puis 66,6 % pendant une période équivalente.

La durée varie selon l’ancienneté ou la convention collective.

4.3. Délais de carence

• Sécurité sociale : 3 jours (une seule fois sur 3 ans pour les ALD).
• Complément employeur : 7 jours, sauf si la convention collective supprime ou réduit ce délai.

5. Congés payés et arrêt longue maladie

Depuis la réforme imposée par le droit européen, un salarié en arrêt, même non professionnel, acquiert des congés payés.

Deux cas :

• Maladie professionnelle / accident du travail : 2,5 jours par mois.
• Maladie non professionnelle : 2,5 jours par mois, avec limites prévues par le Code du travail.

Droit au report

Le salarié qui n’a pas pu prendre ses congés en raison de l’arrêt bénéficie d’un report de 15 mois, à compter de l’information donnée par l’employeur.

6. Remplacer un salarié absent : CDD de remplacement

L’employeur peut conclure un CDD pour remplacement, généralement à terme imprécis.

Il doit impérativement mentionner :

• le nom du salarié remplacé,
• le motif,
• la durée minimale du contrat.

Le contrat se termine au retour du salarié absent.
Sans durée minimale, il peut être requalifié en CDI.

7. Licenciement d’un salarié en arrêt longue maladie : ce qui est possible

❌ Interdiction absolue : licencier en raison de la maladie

Aucun salarié ne peut être licencié parce qu’il est malade ou en ALD.
Ce serait une discrimination (art. L1132-1).

Le licenciement serait nul, avec indemnité minimale de 6 mois de salaire.

✔ Licenciement possible dans trois cas uniquement

1. Faute grave ou lourde, commise avant l’arrêt.
2. Licenciement économique, si les critères sont réunis.
3. Désorganisation de l’entreprise + nécessité de remplacement définitif.

La désorganisation doit être :

• réelle,
• importante,
• directement liée à l’absence du salarié,
• démontrée par des preuves concrètes.

Toute approximation expose à un risque élevé de condamnation.

8. Retour du salarié : obligations de l’employeur

Au retour, l’employeur doit :

• organiser une visite médicale de reprise (obligatoire après plus de 30 jours d’arrêt),
• étudier les aménagements de poste recommandés par le médecin du travail,
• revoir l’organisation du travail,
• mettre à jour le DUERP si nécessaire.

Si le salarié est déclaré inapte, une procédure spécifique de reclassement s’applique.
L’absence de recherche de reclassement expose à la nullité du licenciement.

Conclusion

Gérer un arrêt maladie longue durée exige de l’employeur une parfaite maîtrise des règles sociales, médico-administratives et organisationnelles. Entre le versement des indemnités, la possibilité de remplacement, la gestion des congés payés, les obligations liées au maintien dans l’emploi et les rares cas permettant un licenciement, chaque étape doit être respectée avec rigueur.

Une mauvaise décision peut exposer l’entreprise à un risque prud’homal majeur, tandis qu’une gestion conforme favorise une reprise sereine, limite les tensions internes et protège juridiquement l’employeur comme le salarié.

Anticiper, documenter, dialoguer et s’appuyer sur la médecine du travail restent les clés d’une gestion RH sécurisée et humaine, essentielle pour préserver l’équilibre de l’entreprise face à des absences longues et imprévisibles.

FAQ

1. Qui décide d’un arrêt maladie longue durée et quels critères sont retenus ?

L’arrêt longue maladie est prescrit exclusivement par le médecin traitant lorsqu’il estime que l’état du salarié nécessite une interruption prolongée du travail, généralement au-delà de six mois. La Sécurité sociale peut ensuite reconnaître une affection longue durée (ALD) si la pathologie nécessite des soins coûteux et continus. Le médecin-conseil de la CPAM valide ou refuse la prolongation au regard de plusieurs éléments : la gravité de la maladie, l’évolution du traitement, la durée prévisible des soins et les risques liés à la reprise prématurée du travail. L’employeur ne peut ni contester médicalement l’arrêt ni demander des détails sur le diagnostic, car ils sont protégés par le secret médical.

2. Un salarié en longue maladie continue-t-il à acquérir des congés payés ?

Oui. Depuis la réforme imposée par la Cour de cassation et intégrée au Code du travail, un salarié acquiert désormais des congés payés, qu’il s’agisse d’un arrêt pour maladie professionnelle ou non professionnelle.
La règle actuelle est la suivante :

• Accident du travail / maladie professionnelle → 2,5 jours par mois sans limitation durant la période d'arrêt.
• Maladie d’origine non professionnelle → 2,5 jours par mois dans la limite d’un plafond fixé par le droit interne.
  En cas d’impossibilité de prendre ses congés en raison de l’arrêt, le salarié bénéficie d’un droit à report de 15 mois, sous conditions. Ce mécanisme évite que les droits soient perdus et oblige l’employeur à informer formellement le salarié à son retour.

3. Peut-on remplacer un salarié en arrêt longue maladie sans risque juridique ?

Oui, à condition de respecter strictement le cadre légal. L’employeur peut recruter :

• un CDD de remplacement à terme imprécis, qui s’achève au retour du salarié ;
• un intérimaire ;
• voire procéder à une réorganisation interne.
  Le CDD doit mentionner précisément le nom et la fonction du salarié remplacé. Une omission ou un motif imprécis peut entraîner la requalification en CDI. Il est également obligatoire d’inscrire une durée minimale de contrat, faute de quoi le CDD peut être jugé irrégulier. Enfin, l’employeur doit veiller à ne pas donner l’apparence d’un remplacement définitif, ce qui pourrait être interprété comme un licenciement masqué.

4. Peut-on licencier un salarié absent pour maladie longue durée ?

Le principe est strict : il est interdit de licencier un salarié en raison de sa maladie. Cela constituerait une discrimination fondée sur l’état de santé (art. L1132-1).
Cependant, le licenciement est possible dans 3 situations encadrées :

• faute grave ou lourde, commise avant l’arrêt ;
• licenciement économique, si les critères légaux sont réunis ;
• désorganisation de l’entreprise + nécessité de remplacement définitif, mais uniquement en présence d’une absence prolongée ou d’absences répétées.
  La jurisprudence exige que la désorganisation soit réelle, sérieuse, démontrable et directement causée par l’absence du salarié. Toute erreur d’appréciation peut conduire à la nullité du licenciement et à une indemnisation minimale de 6 mois de salaire.

5. Comment anticiper le retour d’un salarié après un arrêt maladie longue durée ?

Le retour nécessite une préparation rigoureuse afin d’éviter tout risque d’inaptitude ou de conflit ultérieur. L’employeur doit :

1. organiser une visite médicale de reprise obligatoire auprès du médecin du travail ;
2. étudier les aménagements de poste, s’ils sont recommandés ;
3. mettre à jour le DUERP si la pathologie révèle un risque lié au poste ;
4. proposer un entretien de réintégration pour réorganiser les missions, évaluer les besoins et éviter une surcharge immédiate.
   En cas d’avis d’inaptitude, une procédure spéciale s’applique avec obligation de rechercher un reclassement. Ne pas la respecter peut entraîner la condamnation de l’employeur.